2012年、2017年，贸仲委被分别指定为《海峡两岸投资保护和促进协议》、内地与香港、澳门《<关于建立更紧密经贸关系的安排>投资协议》项下的投资争端解决机构之一，负责以调解方式解决台港澳投资者与内地方的投资争端。
